Existem muitos tratamentos contra as verrugas genitais, alguns agem destruindo lentamente as verrugas e outros fazem com que o próprio corpo ataque-as. O tratamento não necessariamente livra a pessoa do vírus HPV, algumas áreas aparentemente normais podem continuar infectadas pelo vírus, portanto, mesmo após o tratamento é possível que as verrugas voltem em algumas semanas ou meses.
As pessoas que não melhoram com tratamento medicamentoso, podem removê-las através de cirurgia convencional ou cauterização elétrica (utilizando eletricidade para queimar as verrugas). Para realizar a cauterização, a paciente não pode estar grávida ou possuir qualquer infecção, que deverá ser tratada antes. Após cauterizar, a mulher deve esperar cerca de três semanas para ter novas relações sexuais, evitando assim, contaminações. Muito importante também observar se há febre ou corrimento logo após o procedimento. E os cremes, indicados pelos médicos, também irão auxiliar na cicatrização.